🔬 Исследователи проекта TenK10K сопоставили полные геномы 1 925 человек с данными о РНК в 5,4 млн иммунных клеток. Они обнаружили связи распространённых вариантов ДНК с активностью 83 % изученных генов, а групп редких вариантов — с активностью 47 %. Карта помогает искать, в каких клетках генетические варианты могут быть связаны с болезнями.
Работа опубликована в Nature. Команда исследовала 21 404 гена в 28 типах иммунных клеток крови. Метод SAIGE-QTL позволил анализировать количество РНК в отдельных клетках, вместо того чтобы сначала объединять эти измерения. Для поиска редких вариантов исследователи использовали полные геномы участников, а их связи с активностью генов проверяли совместно, группами.
Около половины выявленных генетических эффектов наблюдались только в одном или нескольких типах клеток. Почти ни один не обнаруживался во всех 28 типах. Среди генов со связями с распространёнными вариантами ДНК оказались 4 572, для которых такие связи не выявило предыдущее исследование цельной крови с участием более 30 000 человек.
Затем авторы сопоставили карту с генетическими данными о 16 заболеваниях и 44 показателях крови. Для 5 287 генов анализ указал на вероятное совпадение варианта ДНК, связанного с активностью гена, и варианта, связанного с заболеванием или показателем крови. Такие совпадения помогают предположить молекулярные механизмы и определить, в каких клетках их искать.
✅ Карта помогает связать генетические особенности с конкретными типами иммунных клеток, а не только с усреднёнными показателями крови. Однако в анализ вошли только люди европейского происхождения, а для независимой проверки оценки клеточной специфичности у авторов не было набора данных сопоставимого или большего размера.
⚕️ Это не медицинская рекомендация.
